Introduction
Dans la perspective de combler ce déficit de plateau technique et de satisfaire les recommandations de l’OMS concernant la surveillance moléculaire (après l’introduction des nouveaux vaccins : Pentavalent-Hib, PCV13) que le CDC a décidé de renforcer la capacité du laboratoire du CHNEAR dans le Diagnostic de la méningite.
Apres quatre années de fonctionnement, nous avons jugé nécessaire de faire le bilan d’activités de cette plateforme moléculaire.
Matériel
- Deux machines de rtPCR : 7500 Fast et Quantstudio 5 soit une capacité de 192 échantillons pour 2heures
- Le logiciel Excel 2013 a été utilisé pour l’analyse des données
- Registres de paillasse
- Amorces et intrants de biologie moléculaire à travers la plateforme IRR du CDC
Méthodologie
La rtPCR est réalisée sur tout échantillon de LCR reçu au laboratoire du CHNEAR avec deux programmations :
- PCR triplex pour la détection de Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae et Neisseria meningitidis
- PCR triplex pour la détection de streptocoque du groupe A, streptocoque du groupe B et Streptococcus suis.
Seuls les échantillons qui ont un Ct ≤ 35 sont considérés comme positifs après validation contre les contrôles positifs et négatifs.
Résultats
De juin 2018 à décembre 2022, 6702 LCR (cas suspects de méningite) ont été reçus au CHNEAR et 5266 LCR ont bénéficié de la rtPCR.
Sur la base de la cytologie (≥ 10 leucocytes / mm³), nous avons classé 1308 échantillons de LCR comme des cas probables de méningite.
22% de ces cas probables ont été confirmés par la culture tandis que 53% ont été confirmés par rtPCR.
La cartographie des pathogènes isolés ou détectés du LCR au niveau du CHNEAR de 2018 à 2022, montre la présence en bonne place des bactéries responsables de méningite et évitables par la vaccination.
Streptococcus pneumoniae est la bactérie la fréquente dans les cas confirmés de méningite. Elle suivie, respectivement, par Haemophilus influenzae non b et Neisseria meningitidis. Cependant l’avènement de la COVID-19 a coïncidé avec une percée du streptocoque du groupe A voire rivaliser avec Haemophilus influenzae de 2020 jusqu’au début de l’année 2022.
La distribution des sérotypes montre une bonne prise en charge des souches de pneumocoques vaccinaux par le PCV-13. On note aussi d’autres sérotypes de pneumocoque invasifs non vaccinaux ce qui pourrait confirmer l’évènement attendu du remplacement sérotypique.
Conclusion
Le laboratoire du CHNEAR s’est résolument lancé dans le diagnostic moléculaire de la méningite bactérienne avec comme perspective l’acquisition d’une nouvelle de rtPCR dont la capacité nous permettra de réaliser la détection des virus et champignons